故事随着电视剧《交锋》的发展不断升级，主演包括王凯、彭昱畅、欧豪和周依然等，剧情的紧张感愈发明显。国安局已经将一个重要的敌对间谍林看山的身份锁定，随着调查的深入，林看山不仅身份暴露，还与军情局的高官朱应甲有密切联系，朱应甲甚至将前往大陆与曹了平会面，情势令人意外紧张。在新一集中，魏广进，闵中市国安局第二处的处长，将林看山的照片上报副局长吴声，这是国安将其列为头号目标的重要标志。
与此同时间，资深侦查员马憩正在培养新手何春晓，将多年的实战经验传授给她：“所有的巧合都不是巧合。”这个老将与新人的组合发挥了不小的作用，从逐步怀疑林看山到进行监视和监听，为后续可能的长线对抗奠定了基础。而在另一个背景中，曾被朱应甲盯上的导弹专家曹了平回国后，依然无法摆脱重重纠缠，军情局一直在想办法将他拉入泥潭。
林看山开始充当曹了平与外界的联络，利用校庆邀请他回母校，并通过他的侄子传递讯息，使他不得不与朱应甲接触。朱应甲甚至主动提出在北京与曹了平会面，显示了其对成功拉拢曹了平的信心。国安局随即获得来自台北的重要情报，表明“对岸有人要来”，尽管具体意图尚不明确，情报的高保密级别显示着事态的严峻。
不久后，林看山同样得知了秘密消息，显示出敌我双方正同步捕捉彼此的动向，暗战随时可能爆发。面对这样的形势，何春晓建议优先监听目标，国安方面的应对措施也随之升级。马憩与何春晓紧跟林看山，后者的头脑极为灵活，甚至与金丽娜产生纠葛，利用她的身份作为掩护。
剧中的内鬼环伺，形式复杂，先让我们了解几个关键角色。贾春霖被认为是内鬼，他和曹了平的初次见面就遭到设局，被迫屈从，客观上对曹了平怀有不满之情。曹了平作为顶尖的固体火箭推进专家，本应有更为耀眼的前程，但因缺乏社会手腕而难以赢得提升，更因经济压力而易受朱应甲的引诱。
在回国准备坦白的关键时刻，曹了平却接到了来自他家的威胁，并在食物中发现了金戒指，这让他大感恐慌。最终，再加上自己的侄子的影响，曹了平半推半就地被卷入了间谍事件中。另一名内鬼小孙，是军情局的人，利用贾春霖的影像向曹了平施压，使其始终无法直言。
李东华最开始被认为是书呆子，但逐渐暴露出隐藏身份，其背后似乎有着朱应甲的指使，他借机抹黑春晓，甚至故意将其孤立，企图最终将其视为替罪羊。至于尹宝山，真正潜伏在国安局内部的内鬼，因在机场跟踪蒋在珍而被怀疑，最终与一连串暗杀事件联结在一起，这个人则是隐藏得最深的关键角色。
